La historia de las autodefensas en Puerto Boyacá se remonta a principios de los ochenta. Varios campesinos se organizaron para defenderse de los desmanes que comenzó a cometer la guerrilla luego de convivir pacíficamente por años con los habitantes de la zona. El grupo dirigido por Gonzalo Pérez y su hijo Henry, las Autodefensas del Magdalena Medio, rápidamente se convirtió en todo un ejército de paramilitares al servicio del narcotráfico, luego de que entre 1982 y 1984 llegaran a la zona varios capos del Cartel de Medellín a comprar tierras.

Desde 1989 los Pérez se enfrentaron a Pablo Escobar, luego de que este declarara una guerra abierta a la fuerza pública. Los ‘paras’ habían trabajado de la mano con militares y policías por años, y prefirieron sumarse a la persecución contra Escobar que entrar en una confrontación directa con sus aliados en la zona. Tras la muerte de Gonzalo, a manos de sus propios hombres y de Henry asesinado por un sicario al servicio del Cartel de Medellín, el grupo quedó en manos de Luis Meneses, alias 'Ariel Otero', un militar retirado, que terminó por desmovilizar a sus hombres en 1991 tras una negociación con el gobierno de César Gaviria.

Otero fue asesinado un año más tarde y varios de los desmovilizados intentaron reorganizar el grupo en Puerto Boyacá, pero varios de ellos fueron asesinados en la lucha por controlar la zona. En 1994 , Arnubio Triana, alias ‘Botalón’, un antiguo miembro de la organización de los Pérez y asumió el mando y creó las Autodefensas de Puerto Boyacá. En 1997 el grupo se sumó a las Auc, pero mantuvo su independencia de la Casa Castaño hasta su desmovilización en enero de 2006. Durante casi una década extorsionaron a comerciantes y campesinos, y asesinaron a quienes consideraban un “un peligro social” para la región.