En 1996 los hermanos Castaño crearon el Bloque Sur Putumayo con el objetivo de apropiarse de territorios en los que las Farc manejaban en negocio del narcotráfico, pues esta zona se había convertido en esos años como el principal productor de hoja de coca de la región andina. El grupo inició con 20 paramilitares enviados por la Casa Castaño desde San Pedro de Urabá. En 1998 asumió el mando Rafael Antonio Londoño alias ‘Rafa Putumayo’, pero solo iba a la zona cada cierto tiempo, pues vivía en Medellín.

La masacre de El Tigre y El Placer en 1999 marcaron la entrada definitiva de este grupo paramilitar a la región. Desde ese momento los habitantes del medio y bajo Putumayo tuvieron que vivir bajo las ordenes de los ‘paras’, que no solo manejaron el negocio del narcotráfico, sino que extorsionaron a los comerciantes y violentaron sistemáticamente a las mujeres de la región.

En 2002 ‘Rafa Putumayo’ tuvo diferencias con Carlos Castaño y el grupo paramilitar pasó a ser parte del Bloque Central Bolívar. Los 292 ‘paras’ que delinquían en el Putumayo se desmovilizaron el 1 de marzo de 2006.