A las cinco de la tarde del 30 de enero del 2002, quince paramilitares de las Autodefensas Campesinas de Puerto Boyacá, fuertemente armados y vistiendo prendas militares, llegaron a la finca El Chispero, en la vereda La Muerta, del municipio de Puerto Parra, Santander. Allí se encontraba Marco Aurelio Ardila Ulloa realizando labores agrícolas. Los paramilitares se llevaron Marco Aurelio a un sector apartado de la finca, a orillas del río Opón, y lo asesinaron con arma blanca.

Para desaparecer el cadáver de Marco Aurelio, los atacantes lo desmembraron usando una motosierra. Le quitaron los brazos, las piernas, lo decapitaron y le abrieron el abdomen. El cuerpo desmembrado fue lanzado al río Opón. La familia de Marco Aurelio encontró algunas de las partes de su cuerpo aguas abajo.

De acuerdo con la versión libre entregada por Jorge Enrique Andrade Sajonero durante el proceso de Justicia y Paz, Marco Aurelio fue asesinado porque le prestaba ayuda a la guerrilla para pasar el río y también les brindaba información.

A este mismo cauce, también en jurisdicción de Puerto Parra, fue lanzado el cuerpo de Rogelio Antonio Tamaniza, el 8 de febrero de 1999. Rogelio y su familia eran miembros de la comunidad indígena Embera Chamí. En la tarde de ese lunes, tres hombres pertenecientes a las Autodefensas Campesinas de Puerto Boyacá llegaron a la finca donde estaba la familia e interrogaron a Rogelio durante dos horas. Luego se lo llevaron sin dar explicación a su familia. Según la versión entregada por Nelson Enrique Bejarano, integrante de las ACPB, Rogelio Tamaniza fue asesinado y su cuerpo lanzado al río Opón.

De acuerdo con la base de datos recogida por el Centro Nacional de Memoria Histórica, en el río Opón se encontró un cuerpo en marzo de 1998, presuntamente asesinado por un grupo guerrillero. Con este serían, por lo menos, tres los cuerpos hallados en las aguas de este río.

En la región del Magdalena Medio se tiene registrada la conformación de grupos de autodefensas desde 1979. En Puerto Triunfo, Antioquia, se conformaron ‘Los Escopeteros’, al mando de Ramón Isaza, y en Puerto Boyacá se crearon las Autodefensas de Puerto Boyacá, encabezadas por Gonzalo Pérez y su hijo Henry de Jesús Pérez. Estas últimas se consolidaron rápidamente, llegando a establecerse como la principal estructura paramilitar en el país por cerca de una década.

En 1983 se registró la presencia de los ‘Masetos’, en la zona aledaña a Puerto Berrío, Antioquia. El accionar de este grupo se extendió por el Magdalena Medio santandereano, llegando hasta Barrancabermeja. Sus objetivos eran, en su mayoría, personas señaladas de pertenecer o auxiliar a los grupos guerrilleros que tenían una importante base social en las organizaciones sindicales de la región. Cerca de una década duró la presencia de este grupo en la zona.

Por esa época, en 1992, entre Puerto Triunfo y Puerto Boyacá se consolidaron las Autodefensas Campesinas del Magdalena Medio, al mando de Ramón Isaza, que integró a muchos de los hombres del desaparecido grupo de Henry Pérez. Este grupo se financiaba a través del robo de gasolina, la extorsión y el narcotráfico. Dos años después, hombres que habían pertenecido a las Autodefensas de Puerto Boyacá, comandadas por Henry Pérez, volvieron a tomar las armas, esta vez bajo la dirección de Arnubio Triana, alias ‘Botalón’. Esta nueva versión del grupo de Puerto Boyacá delinquió en la zona del Magdalena Medio santandereano hasta su desmovilización en el 2006.

Paralelamente, a partir de 1993, se crearon las Autodefensas de Santander y Sur del Cesar (Ausac), que tuvieron injerencia en los alrededores de Barrancabermeja. En marzo de 1997, las Ausac perpetraron una masacre en Barrancabermeja, en la que asesinaron a cuatro personas. Los 'paras' permanecieron en la región del Magdalena Medio santandereano. El grupo se mantuvo fuera de las Auc. Entre mayo y noviembre de 1998, los 'paras' de las Ausac perpetraron cinco masacres en Barrancabermeja, Santander, dejando al menos 50 personas muertas, incluyendo líderes sociales.

Como las Autodefensas de Santander y del Sur del Cesar permanecían al margen de las Auc, en 1999 Carlos Castaño ordenó el asesinato de Guillermo Cristancho Acosta, alias ‘Camilo Morante’, exjefe de las Ausac, y la disolución del grupo paramilitar. Las tropas de esa estructura se fusionaron al Bloque Central Bolívar, al mando del narcotraficante Carlos Mario Jiménez, alias ‘Macaco’, que se creó en el 2000 en el norte de Antioquia. Este grupo tuvo una presencia importante en el Magdalena Medio debido a los hombres que provenían de las Ausac.

A finales de 2001, el Bloque Central Bolívar, Bcb, se separó de las Auc luego de que Carlos Castaño comenzara a insistir en que los paramilitares debían dejar de financiarse con el tráfico de droga. El Bcb era la célula más narcotraficante de las Auc. Tras independizarse, alias 'Macaco', exjefe del Bcb, expandió su proyecto paramilitar por varias regiones del país. ‘Macaco’ abrió bloques en varios departamentos y le vendió su franquicia a narcotraficantes que quedaron subordinados a su mando.