En San Pedro, según la Misión de Observación Electoral, MOE, actuaron guerrilleros del Frente 35 de las Farc, al igual que paramilitares del Frente Héroes Montes de María de las Autodefensas Unidas de Colombia, Auc, comandado por Edwin Cobo Téllez. La presencia del Eln en el departamento, según Observatorio de Derechos Humanos del Gobierno, estuvo marcada por el Frente Jaime Bateman Cayón.

Según el informe de la Agencia Nacional de Hidrocarburos de 2018, en San Pedro hay dos empresas petroleras realizando extracción en el campo petrolero La Creciente, estas son Frontera Energy Colombia, antiguamente conocida como Pacific Rubiales, y Pacific Stratus Energy. Durante una de estas excavaciones, por parte de Pacific, en 2013 Caracol Radio reportó el hallazgo de un sitio arqueológico.

El Universal dijo en 2015 que desde el Congreso se le iba a pedir a la petrolera Pacific Rubiales, hoy Frontera Energy Colombia, que no detuviera la creación de la planta de gas licuado en el departamento, más exactamente en San Pedro. Posterior a eso no hay información reciente de este proyecto.