Puerto Boyacá pertenece al departamento de Boyacá. Es reconocido por ser el municipio en que se gestaron los primeros grupos paramilitares del Magdalena Medio. Tuvo las primeras vías de acceso y comunicación en la década de los 50, cuando la compañía petrolera Texas Petroleum Company las construyó durante su llegada al departamento.

Los investigadores Víctor Peña y Jorge Alirio Ochoa documentaron que la influencia petrolera en la región ayudó a gestar los enfrentamientos de los paramilitares y la guerrilla. En la revista Alternativa de 1978, se señala a la empresa Texas de apoyar al Ejército y bandas de “Pájaros” para prestar seguridad y asesinar a contradictores del proyecto petrolero.

En julio de 2013, el proceso de Justicia y Paz reunió a Ramón Isaza Arango; Iván Roberto Duque, alias ´Ernesto Báez’; Arnubio Triana alias ´Botalón´ y Luis Eduardo Cifuentes, alias ´El Águila´, máximos comandantes de las autodefensas en el Magdalena Medio. El propósito era reconstruir las barbaries que protagonizaron como grupo armado y comprender las alianzas  entre estos grupos con el narcotráfico y la política. Se registró que tras los secuestros y extorsiones de las Farc, Ramón Isaza solicitó a ganaderos su apoyo para crear el primer grupo de autodefensas en 1977. Ese mismo año se entregó el primer millón de pesos para comprar ocho escopetas y formar el grupo”contra insurgente” en Puerto Boyacá.
Por otro lado, Texas Petroleum Company siguió funcionando en el municipio hasta la llegada de otras empresas a Puerto Boyacá. Con ello, se convirtió en el fortín del petróleo en esta parte del país. Sin embargo, las denuncias de la comunidad por problemas ambientales y laborales también llegaron.

En julio de 2018, Semana Rural documentó un derrame de crudo que afectó el Parque Nacional La Serranía de las Quinchas.  Corpoboyacá determinó que el derrame afectó 300 metros cuadrados y contaminó la quebrada La Cristalina.  El tramo La Belleza - Vasconia, afectado por una fuga, es propiedad de la empresa Ocensa.

En octubre de 2018 el Senado citó a debate de control político a las petroleras que operan en Puerto Boyacá  y a la Agencia Nacional de Licencias Ambientales por las inconsistencias en la emergencia ambiental. Los trabajadores y los líderes de la Unión Sindical Obrera exigen mejoras salariales, que la obra de mano sea local y ser reconocidos como sindicalistas por parte de las empresas.