San Roque, según Verdad Abierta, tuvo una guerra por el control territorial desde comienzos de los años 90 y a inicios de siglo entre el Eln, las Farc y paramilitares. La única masacre que tiene Rutas del Conflicto documentada en el municipio ocurrió en 1989 por paramilitares del grupo Muerte a Revolucionarios del Nordeste, Mrn, esta masacre fue declarada delito de lesa humanidad en mayo del 2018 por la Corte Suprema de Justicia.
En el municipio posteriormente operó el Bloque Metro de las Autodefensas Unidas de Colombia, Auc, que estuvo en el municipio entre 1997 y 2002, al tiempo que operaba el Frente 9 de las Farc, según Verdad Abierta. El mismo portal dice que este grupo comandado por Carlos Mauricio García, alias ‘Doble Cero’, libró una guerra contra los Bloques Cacique Nutibara y Héroes de Granada, creados por Diego Fernando Murillo, alias ‘Don Berna’, que también dirigía la Oficina de Envigado.
La guerra, que fue ganada por ‘Don Berna’, provocó que los territorios fueran repartidos entre los paramilitares que lo apoyaron. De igual manera, Verdad Abierta, señala que San Roque tiene varios casos por despojo de tierras relacionadas con esta violencia.
En la actualidad, El Espectador reseñó que en las zonas de Antioquia que cuentan con minería tienen una alta presencia de las Autodefensas Gaitanistas de Colombia, entre los municipios reseñados está San Roque.
En 2015 fue adjudicado el proyecto Gramalote a las empresas AngloGold Ashanti y B2Gold que crearon la sociedad Gramalote Colombia Limited. Esta prometía ser la mina más grande del país, ya que es “un título minero de 10 mil hectáreas, de las que se intervienen 1.300 hectáreas (vías, campamento, oficinas) y estiman que el tajo de explotación sea de 190 hectáreas cuando alcance su mayor tamaño”, reseñó el medio El Colombiano.
En septiembre de 2017, según la emisora La FM, cerca de 1.500 personas de San Roque protestaron contra la AngloGold Ashanti. Los mineros artesanales exigían una compensación para abandonar las bocaminas de la multinacional. Además, uno de los voceros le dijo al mismo medio que “la multinacional está comprando cerca de 27 mil hectáreas, entonces acá los campesinos nos vamos a volver asalariados, muchos campesinos ya no tienen tierra donde trabajar”.
En 2019 los mineros artesanales estaban en un proceso de formalización de su actividad en 18 Unidades Productivas Mineras. Este proceso, según el portal Análisis Urbano, se realizó por medio de un subcontrato de formalización entre Gramalote Colombia Limited y la Sociedad Minera La María con la gestión de la Secretaría de Minas de Antioquia.
