Según el Diagnóstico departamental de Sucre de 2007, en 1999 el secretariado de la guerrilla de las Farc designó a la compañía Carmenza Beltrán, para que deliquiera en los municipios de Morroa, Coloso, Ovejas, Tolúviejo, San Onofre, Corozal, Chalán y Los Palmitos. La guerrilla del Eln también hizo presencia en el municipio de Palmitos.

En el año 2000 el diario El Tiempo reportó 357 personas en situación de desplazamiento en el municipio.

A puertas de las desmovilización paramilitar, el 21 de septiembre de 2002 el gobierno del entonces presidente Álvaro Uribe, declaró los Montes de María como Zona de Rehabilitación y Consolidación del Orden Público. Dicha zona llegó a su fin el 30 de abril de 2003 y tenía como objetivo la incursión de la Fuerza Pública en la zona y la expulsión de las guerrillas.

Entre 1993 y 2006, el municipio de Los Palmitos fue escenario de dos masacres que dejaron 18 muertos.

Desde 2007 la empresa Pacific Stratus Energy Colombia cuenta con licencias ambiantales para la explotación de gas en el bloque "La Creciente", en los municipios de Sincé, San Pedro, Buenavista, Los Palmitos y Ovejas en el departamento de Sucre.

El 9 de noviembre de 2014 la Unidad de Atención y Reparación Integral a Víctimas realizó una jornada de atención a más de 2 mil víctimas de Los Palmitos, Corozal y Morroa. La jornada se cumplió en el polideportivo central del municipio de Los Palmitos y tuvo como ejes centrales la atención psicológica, asesoría para consecución de empleo, asesoría para procesos de restitución y reparación, entre otros.