El departamento de Antioquia fue especialmente afectado por el conflicto armado, sus dinámicas llegaron a abarcar, a mediados y finales de los 90, casi la totalidad del territorio. Además, hubo presencia de distintas estructuras de las Farc, el Eln, el Epl, y diversos grupos de autodefensa, según aseguró el artículo de investigación "Conflicto Armado y Pobreza en Antioquia Colombia", publicado por la Universidad Pedagógica y Tecnológica de Colombia, UPTC.

De acuerdo con el artículo, durante el período entre 1997 y 2010, los municipios con más incidencia del conflicto, en términos de cantidad de acciones armadas, son Mutatá, Dabeiba, Ituango y Valdivia, en las cercanías al Nudo del Paramillo; Toledo, San Andrés de Cuerquia, Yarumal, Campamento y Anorí, también en el norte en el margen oriental del río Cauca; Caicedo, Abriaquí y Giraldo en el occidente, en inmediaciones del páramo del Sol; y, del suroriente, Nariño, San Francisco, Cocorná, San Luis, San Carlos, Granada, San Rafael, Guatapé, Alejandría y Concepción.

Posterior al proceso de desmovilización del Bloque Mineros, en 2006 y del Bloque Noroccidente Antioqueño en 2005, en 2007 llegaron a la subregión, especialmente a Valdivia y Briceño, otra serie de grupos armados, las Águilas Negras, los Rastrojos y los Zorros.
De acuerdo con los informes publicados por el Nodo Antioquia de la CCEEU en 2013, 2014 y 2015; y La Defensoría del Pueblo en 2011 y 2014; las Autodefensas Gaitanistas de Colombia, Agc, se han ido extendiendo hacia municipios como San Andrés de Cuerquia, Ituango, Toledo y Yarumal.

La dimensión de la desaparición forzada en esta zona al norte de Antioquia es impactante. Según información del portal Rutas del Conflicto, San Andrés de Cuerquia hace parte de los 12 municipios que conforman el cañón del río Cauca, donde se concentra la tercera parte de los desaparecidos en el departamento de Antioquia.

Habitantes de Ituango afirmaron al portal web, que la mayoría de desapariciones ocurría en retenes ilegales en carretera, donde hombres armados hacían bajar a las personas de los buses, señalándolas de auxiliadoras de otro grupo armado. La comunidad presume la existencia de fosas comunes cercanas a donde quedaban aquellos puestos de control. Para llegar a Ituango, donde las Farc hacía una fuerte presencia, había que pasar primero desde el norte por Peque y Sabanalarga desde el occidente; Toledo, San Andrés de Cuerquia, Briceño, Valdivia, Yarumal.

El fenómeno continúa vigente porque todavía se habla de que el plan de los paramilitares sigue siendo retomar Ituango. La guerra de hoy en la frontera con el bajo Cauca se visualiza con los enfrentamientos entre las disidencias de las Farc, en alianza con los Caparrapos, contra el Clan del Golfo. En San Andrés de Cuerquia y Toledo está la disidencia guerrillera y los Pachelly en contra del Clan del Golfo.

En abril de 2018, la comunidad denunció a través a distintos medios de comunicación presencia de las disidencias del frente 36 de las Farc en el municipio de San Andrés de Cuerquia. Según registró el medio de comunicación El Colombiano, integrantes de las disidencias del frente 36 de las Farc marcaron con sus insignias varias casas, vehículos y hasta escuelas en la vía que comunica a los municipios de San Andrés de Cuerquia e Ituango en el Norte de Antioquia.
El alcalde del municipio, Eduar Rolando Pino, le aseguró al medio que los integrantes de esa disidencia “pintaron casas, escuelas y carros que estaban en la carretera desde la vereda Alto Seco hasta Cacahual”.
Por su parte, un comunicado en junio de 2018, de la Asociación de Campesinos de San Andrés de Cuerquia, aseguró que hombres armados han realizado acciones violentas como la quema un helicóptero en el valle de Toledo y la destrucción de maquinaria en el municipio, lo que aseguran ha generado pánico en las comunidades.

En el municipio se encuentra en construcción la central hidroeléctrica San Andrés, un proyecto de la empresa de energía Celsia, del Grupo Argos, la cual opera en el territorio a través de Empresa de Energía del Pacífico S.A. E.S.P, Epsa E.S.P.. Este proyecto no requiere embalse sino que toma una parte del agua directamente del río San Andrés.