Está ubicado en la subregión del Bajo Cauca en el departamento de Antioquia. Es uno de los municipios con más proyectos mineros en el departamento, por lo que también es recurrente la explotación de manera ilegal. Según un informe de la Fundación Ideas para la Paz, FIP, el 80 % del oro que se produce en Antioquia viene de empresas que no son legales. Por cuenta de estas prácticas, varios ríos de la región se han visto afectados en los últimos años, ya que presentan altos índices de mercurio en el agua. Entre las empresas que operan en la zona se encuentra Mineros S.A. con la Mina La Ye.

Zaragoza limita con municipios históricamente afectados por el conflicto armado como Segovia, Caucasia o Cáceres, regiones en las que el desplazamiento forzado aún no cesa por culpa de actores armados que disputan el territorio. El 15 de junio de 2018 Zaragoza registró su más reciente desplazamiento de 18 familias hacia la ciudad de Medellín. A mayo de 2019, Medellín reportó 137 personas desplazadas provenientes de Zaragoza desde 2018.

Según un artículo de la Fundación Paz & Reconciliación de junio de 2019, actualmente en el Bajo Cauca Antioqueño existen disputas por el territorio entre el Clan del Golfo, las Autodefensas Gaitanistas de Colombia y los Caparrapos con el fin de cooptar las rutas del narcotráfico y las redes de extorsión.

La Paz en el Terreno registra el asesinato del líder social José Rafael Solano el 4 de enero de 2019. Era el presidente de la Junta de Acción Comunal de la vereda El Jobo, ubicada entre los municipios de Zaragoza y Caucasia. Dos semanas después de su asesinato, se reportó la captura de los presuntos responsables del crimen, quienes serían miembros del Clan del Golfo, o Autodefensas Gaitanistas.

El Registro Único de Víctimas, RUV, reconoce un total 6.261 víctimas del conflicto armado en el municipio.