San Juan de Arama, es uno de los 14 municipios del departamento del Meta que conforman la subregión Ariari-Guayabero.

Entre 2003 y 2006, Meta registró una tasa promedio de 90 homicidios por cada 100.000 habitantes, convirtiéndose en el segundo departamento con más víctimas por este delito en todo el país, después de Arauca. Los municipios más afectados de la región del Ariari fueron Vista Hermosa, San Juan de Arama, El Castillo, Mesetas, Fuente de Oro, El Dorado, San Luis de Cubarral, Puerto Lleras, Puerto Rico, La Macarena, La Uribe, Lejanías y Puerto Concordia; y los del Piedemonte central fueron Castilla la Nueva, Guamal y San Carlos de Guaroa; según el informe Meta: Análisis de Conflictividad, de PNUD.

De acuerdo con este informe, San Juan de Arama hizo parte de los municipios donde actuaron las autodefensas al tiempo que hubo compra de tierras por narcotraficantes o laboratorios de coca en Puerto Gaitán y Puerto López. A partir de 1997, tanto en San Juan de Arama como en varios de los municipios que conforman esta subregión, registraron altas tasas de asesinatos que se explican principalmente por la competencia entre guerrillas y autodefensas por el control territorial.

El municipio de San Juan de Arama está ubicado en una subdivisión de la zona protegida del Amem llamada Ariari-Guayabero. En el municipio hay tres bloques de hidrocarburos activos: CP0-16 de Hocol, Ecopetrol y Río Ariari de Frontera Energy, antes Pacific Rubiales, que están en exploración, y Caño Sur de Ecopetrol. Caño Sur logró entrar en producción, pero esta fue suspendida por Ecopetrol debido a que no lograba ser rentable con los precios del crudo que regían en el primer trimestre de 2016, según la revista Dinero.

Por su parte, el medio de comunicación RCN Radio informó que, en septiembre de 2016, habitantes de San Juan de Arama realizaron un cabildo abierto, convocado por el Concejo de esa población, en el que pedían ante la Autoridad Nacional de Licencias Ambientales, Anla, la revocación de las licencias de Hocol S.A. para explorar hidrocarburos en los territorios de San Juan de Arama, Granada y Vista Hermosa. De acuerdo con el medio, los habitantes consideran que tales actividades ponen en peligro las fuentes hídricas en la zona, la cual hace parte del Manejo Especial de la Macarena.