Puerto Leguízamo hace parte del departamento del Putumayo, límite con Perú. También en el territorio accionó el Frente 48 de las Farc, uno de los frentes con mayor poder militar y era el encargado de manejar el dinero del narcotráfico en el sur del país. En 1997 los hermanos Castaño en su expansión paramilitar conformaron el Bloque Sur Putumayo y comienzaron la disputa territorial y por el control del negocio cocalero. Según el observatorio de Memoria y Conflicto, estos enfrentamientos dejaron 46 hechos victimizantes en el municipio.

En medio del poder paramilitar en la región, el 6 de marzo de 2003 el Bloque Sur de las Farc ingresó al corregimiento de La Tagua, en Puerto Leguizamón, y asesinó a cinco personas, que pertenecían a la comunidad indígena Huitoto.

Este municipio, a diferencia de Orito, no tiene un gran pozo petrolero. Sin embargo, en julio de 2016 el pueblo indígena Murui de Monai de Jitoma convocó una consulta previa para frenar el proyecto de exploración sísmica en el territorio. El proyecto se ubica a tres horas de la cabecera municipal de Puerto Leguízamo, donde viven los indígenas de Jitoma, una etnia en peligro de extinción, según el auto 004 del 20019, de la Corte Constitucional.

En noviembre de 2018 Ecopetrol estaba realizando actividades pedagógicas con la comunidad para llegar a un consenso de los proyectos extractivos.