San José de Uré pertenece al sur del departamento de Córdoba. Este municipio fue el escenario de 8 acciones bélicas y una masacre por los paramilitares de las Autodefensas Campesinas de Córdoba y Urabá. En el municipio se libró guerra por el control de los cultivos de uso ilícito y la movilidad que permite el territorio a los grupos armados. Aunque los paramilitares se desmovilizaron en Justicia y Paz, el informe del Cinep advierte la presencia de las Bacrim, bandas criminales, en el municipio y la llegada de los Rastrojos, tras el Acuerdo de Paz con las Farc.

La actividad económica de este municipio se encuentra en los cultivos de uso ilícito y la explotación minera de Cerro Matoso. La Corte Constitucional, en marzo de 2018, llegó a la conclusión de que la explotación de ferroníquel en Cerro Matoso estaba causando graves impactos a la salud y el ambiente, luego de que la comunidad presentó una acción de tutela. Según lo presentado a la Corte, la comunidad ha sufrido de enfermedades respiratorias, cutáneas, mujeres que sufrían abortos espontáneos y personas con cáncer, todo sumando a la contaminación de los recursos ambientales.

Para la Corte es evidente la "contaminación de varios ríos y cuerpos de agua aledaños a la mina e, inclusive, se comprobó la sedimentación de uno de los afluentes, causada por la construcción de un canal perimetral al complejo minero", así lo registró Semana Sostenible. Por ello, el alto tribunal decidió que la empresa Cerro Matoso reparara a las víctimas con la creación de un Fondo Especial de Etnodesarrollo y de no cumplir se enfrentaría a la suspensión de actividades extractivas.

Sin embargo, en septiembre de 2018 la Corte declaró nula, parcialmente, la sentencia en la que ya no tendrían que pagar una indemnización a las víctimas. La empresa en un comunicado aceptó la decisión y advirtió que tramitarán nuevas licencias ambientales para su más reciente proyecto Planeta Rica, en el municipio de San José de Uré.

Entre los procesos organizativos en la zona conocida como Nudo de Paramillo, que agrupa al municipio de San José de Uré, se encuentra la organización de indígenas de Zenú, que habitan en los municipios de Puerto Libertador, Montelíbano y San José de Uré, sumando alrededor de 16.952 personas. Estos cabildos locales se han centrado en la denuncia de las afectaciones ambientales y de salud por cuenta de la actividad minera de Cerro Matoso.

Además, se dedican a denunciar e investigar el problema de la tierra. Afirman que la expansión territorial de Cerro Matoso se debe a la compra sistemática de tierras a la poblacion indigena dedicada a la agricultura, como lo registra Cinep. Por otro lado, este municipio se ve afectado por el asesinato sistemático de líderes comunales dedicados a la sustitución de cultivos de uso ilícito.