Puerto Guzmán es uno de los municipios que conforman la región del medio-Putumayo. Según el “Análisis cartográfico del posconflicto en el departamento del Putumayo”, en Puerto Guzmán hay registradas 3417 personas víctimas de desplazamiento forzado. Según el informe “Análisis de conflictividades y construcción de paz - Putumayo” del PNUD, se estima que tan sólo entre 2007 y 2010, 2532 personas fueron desplazadas de Puerto Guzmán.
Las Farc hicieron presencia durante muchos años en este municipio. De hecho, el mismo informe afirma que en 2013, el Frente 32 de la guerrilla tenía ‘en vigencia’ un manual de convivencia en la zona urbana de Puerto Guzmán, que incluía horarios de libre tránsito, registro obligatorio de habitantes, entre otros. La Fundación Ideas para la Paz también registró presencia del Frente 49 de las Farc en el municipio.
El defensor regional del Pueblo, Diego Gutierrez afirmó que “también en Puerto Guzmán, aparte de tener subversión, hay reductos de derecha o grupos paramilitares... Tres casos de secuestro por parte de estos grupos se conocieron en 2013, entre otros delitos”.
Por Puerto Guzmán pasa el oleoducto Trasandino, una infraestructura que lleva petróleo desde el sur el Putumayo hasta el puerto de Tumaco y es operado por la empresa Gran Tierra. Este oleoducto ha sido objeto de atentados en múltiples ocasiones. En octubre de 2018, en el sector de La Patria, zona rural del municipio, hombres sin identificar atentaron contra el oleoducto y provocaron un derramamiento de petróleo. En enero del 2019 el Ejército encontró y desactivó un depósito ilegal de explosivos también en La Patria. Las autoridades señalan que grupos armados trataban de atentar contra la infraestructura nuevamente.
Se trata de una zona en donde la ganadería y la extracción petrolera y la siembra de coca juegan un rol fundamental en la economía legal e ilegal. Este municipio, según el mismo informe, tiene una probabilidad media de recibir excombatientes de las Farc, que ya están en su proceso de reincorporación a la vida civil.
