En 1997, las Autodefensas Unidas de Colombia, Auc, ingresaron a Bolívar para extender el dominio que tenían sobre los departamentos vecinos, especialmente en Santander, al sur y Sucre ,al norte. Los paramilitares encontraron apoyo en los narcotraficantes del departamento y se disputaron con otros grupos armados el control de municipios como San Pablo, Santa Rosa, Cantagallo, Río Viejo, Simití, Montecristo, Morales y Altos del Rosario.

A finales de 1997 incursionan en los Montes de María, mediante el frente Héroes Montes de María , en principio bajo la jurisdicción de las Autodefensas Campesinas de Córdoba y Urabá , ACCU y posteriormente organizadas como Bloque Norte, en los municipios de Arjona, Cartagena, Calamar, Córdoba, El Carmen de Bolívar, San Estanislao, El Guamo, Magangué, María La Baja, San Jacinto, San Juan Nepomuceno, Turbaco, Turbana, Villanueva y Zambrano, según el informe Monografía Político Electoral 1997-2007, de la Misión de Observación Electoral , MOE.

De acuerdo con el informe, a pesar de que Cartagena no fue foco principal de atentados y masacres a mano de estos grupos armados, sí fue lugar de recepción de población desplazada, lo que produjo grandes asentamientos de personas provenientes en su mayor parte de Montes de María y su entorno.

El 10 de abril de 2017, fue asesinado líder comunitario Jorge Luis García Berrío, quien era un enfermero en Cartagena. Luchó por mejorar las condiciones de vida de los habitantes del barrio Sector 3 de Junio, donde él residía y denunció la existencia de sitios de expendio de droga en la zona. El 5 de octubre de 2017, sicarios que permanecen sin identificar, entraron a la casa de García y lo asesinaron con disparos y puñaladas, según lo señala el portal La Paz en el Terreno.

En la zona industrial de este municipio opera la refinería de combustible Reficar S.A, la cual tuvo su origen en 1957 cuando fue construida por la empresa Exxon, como un complejo de refinación de combustibles para suplir la demanda de la costa Caribe. Luego, en 1974 fue adquirida por Ecopetrol. Esta empresa cuenta con un complejo industrial compuesto por 34 unidades, con un área de 140 hectáreas, el mismo espacio que ocuparían 280 canchas de fútbol juntas.

En 2016 se conoció a través de un informe de la Contraloría General de la República sobre los graves errores cometidos en su ejecución. El organismo de control llamó la atención por los costos de Reficar que llegaron a 8.016 millones de dólares, 4.023 millones más de lo inicialmente previsto. El valor total de la refinería representa al cambio de hoy alrededor de 26 billones de pesos, cifra que equivale a cuatro veces el valor que recibió el gobierno por la venta de su parte en Isagén, según lo narró la revista Semana.

Los más de 4.000 millones de dólares de exceso costos en la construcción de la Refinería de Cartagena serían el desfalco más grande de la historia de Colombia.