San Miguel está ubicado en el departamento de Putumayo y es ciudad fronteriza con Ecuador. Su cabecera municipal es La Dorada.

Una de las empresas que opera en la zona es Cenit Transporte y Logística de Hidrocarburos S.A.S con los proyectos conocidos como ‘Oleoducto Transandino’ y ‘Oleoducto San Miguel – Orito’, que transporta el petróleo extraído del Putumayo.

El municipio históricamente contaba con amplias hectáreas de cultivos de coca tras la bonanza de los 80, situación que fue aprovechada por el Frente 48 de las Farc. Después llegarían los paramilitares del Bloque Sur Putumayo.

Las fumigaciones aéreas con glifosato durante la implementación del Plan Colombia redujeron en gran medida la extensión de cultivos de uso ilícito. Sin embargo, comunidades de Orito, Valle del Guamez y San Miguel, en Putumayo, se quejan desde el 2002 por las afectaciones a su salud por culpa del herbicida.

Rutas del Conflicto registra 4 masacres perpetradas en San Miguel durante el periodo 1999-2002, tres de ellas en La Dorada.

Según un artículo de Semana Rural, para los habitantes de San Miguel es usual encontrar constantemente panfletos firmados por las Autodefensas Gaitanistas de Colombia, Agc, y las Águilas Negras, sobre toda la región del Bajo Putumayo.

Así mismo, disidencias del Frente 48 estarían al mando de los carteles internacionales de coca, bajo el control de las rutas del narcotráfico hacia el Pacífico, Brasil y Europa, según las autoridades.

El Registro Único de Víctimas, RUV, reconoce un total de 8.455 víctimas del conflicto armado en el municipio.