Este municipio queda en la provincia de Mares 6, en las que, según un informe de la Misión de Observación Electoral, MOE, el Eln tuvo su zona más fuerte en el país hasta 1992. El mismo documento dice que para 1998 los paramilitares habían tomado el control territorial de la zona. Un informe del Observatorio de Derechos Humanos del Gobierno, dice que las confrontaciones más fuertes de estos grupos se dieron entre 1995 y 1997.
Un artículo de Verdad Abierta indica que en el municipio de Puerto Wilches hubo violencia contra líderes sindicales de palma de aceite por parte de grupo paramilitares. “En el período 1989-2003, fueron asesinados otros 23 líderes, entre ellos el Presidente y Vicepresidente de Sintraindupalma”, menciona el artículo.En 2018 dos exjefes paramilitares del Bloque Central Bolívar fueron condenados por dos de estos crímenes, según reseñó El Espectador.
En 2018, la Defensoría advirtió que la presencia de las Autodefensas Gaitanistas en varios municipios, entre ellos Puerto Wilches, representaba un riesgo para los líderes sociales de la zona. De igual manera, en 2016 el Eln intentó tumbar una torre de energía en el muncipio durante un paro armado, según documentó Caracol Radio. Vanguardia Liberal a principios de 2019, reseñó el asesinato de tres personas y dijo que la violencia se estaba incrementando en el sector por ser un “corredor de narcotráfico”.
El portal web Pacifista publicó en 2018 que en Puerto Wilches se podría ejecutar la primera exploración de petróleo por medio del fracking y que esta estaría a cargo de la empresa Exxon Mobil. Habitantes del municipio expresaron su preocupación por el riesgo de contaminación al que estarán expuestas sus fuentes hídricas de uso diario. De igual manera, el artículo señala que Ecopetrol y la empresa estadounidense Conoco Phllips también buscan realizar fracking en el municipio.
En el municipio funciona un oleoducto que lleva petróleo de Cantagallo, Bolívar, a Puerto Wilches, Santander. A mediados de 2018 este fue noticia por un derrame que contaminó el río Magdalena, según Caracol Radio. Por el municipio también pasa el oleoducto que lleva crudo de Ayacucho, Cesar, a Barrancabermeja, Santander.
