Es uno de los municipios de Putumayo, con la cabecera municipal en La Hormiga. Valle del Guamuez en la mitad de los años 90 fue el escenario de la acción paramilitar del Bloque Sur, que llegaron en 1997 junto con los hermanos Carlos y Vicente Castaño y luego pasaron a manos del narcotraficante Carlos Mario Jiménez alias ‘Macaco’.
Según el registro de la Unidad de Justicia y Paz de la Fiscalía se documentaron el asesinato de por lo menos 2.500 personas y 5.500 víctimas, bajo el argumento de combatir la guerrilla, aunque el trasfondo era controlar el negocio del narcotráfico. El terror paramilitar comenzó cuando 100 hombres armados incursionaron en la vereda El Placer, inspección del Valle de Guamuez, el 7 de noviembre de 1999. En esta disputa territorial se cometieron varias masacres entre ellas la ocurrida el 21 de mayo de 1999, que fue el antecedente para que los ‘paras’ se instalaran en el municipio.
Tras esta oleada de violencia el desplazamiento forzado fue colectivo, veredas como La Hormiga y La Esmeraldas fueron abandonadas por los constantes enfrentamientos del Frente 48 de las Farc contra los paramilitares. Como lo registra el proyecto Pueblos en el Olvido, las comunidades desde 2013 han estado retornando a las tierras que fueron obligados a abandonar.
Aunque los grupos armados en el municipio se disputaran el control del negocio cocalero, los proyectos de extracción también estaban en el dia a día de las comunidades. Las guerrillas en repetidas ocasiones provocaron derrames de petróleo que dejaron sin agua a la comunidad. De igual manera, la prensa ha registrado múltiples protestas pacíficas de los habitantes del municipio exigiendo medidas a la Autoridad Nacional de Licencias Ambientales para proteger los ríos San Miguel, Cuembi y Putumayo, ya que son los que proveen el agua al Valle del Guamuez. En julio de 2014 la comunidad le exigía al gobierno, mediante una manifestación, revaluar una licencia ambiental que permitía al Consorcio Colombia Energy y Ecopetrol construir más de 12.000 hectáreas de corredor, 100 pozos petroleros y un sistema de captación de ríos.
Los y las líderes comunitarios se sientes amenazados y hostigados por actores del conflicto armado y otras circunstancias que aún no se esclarecen. Por un lado, las constantes represiones al oponerse a los proyectos extractivos cuando reciben una amenaza o cuando son agredidos por la fuerza pública en medio de las protestas. Por otro lado, son el blanco de las disidencias de las Farc, las Autodefensas Guardias Campesinas Armadas y de bandas criminales como Los comuneros. Así lo registró la Defensoría del Pueblo en diciembre de 2018.