Puerto Asís es uno de los municipios de Putumayo que más genera regalías al departamento y sufrió los enfrentamientos del Frente 48 de las Farc y los paramilitares. Según el Observatorio de Memoria y Conflicto, Puerto Asís es el territorio con mayor número de hechos violentos, con 230 casos.

La historia del departamento está atada a la exploración y explotación del petróleo. Como lo anuncia el Centro Nacional de Memoria Historica , la industria petrolera ha tenido un gran peso en la configuración territorial de Putumayo, especialmente en municipios como Puerto Asís. La apropiación de tierras inició con la llegada de la petrolera Texas Petroleum Company, en la década de los 60 . Algunas familias campesinas se dedicaron a trabajar para la empresa y las demás siguieron en actividades agropecuarios o en cultivos de coca.

El 1998, los paramilitares comenzaron a operar en Puerto Asís haciendo retenes ilegales en la carretera. Fueron liderados por el comandante general ‘Rafa Putumayo’ y su segundo era William Danilo, alias’ Daniel’. El Frente Sur Putumayo se desmovilizó el 1 de marzo de 2006 en la vereda La Esperanza, corregimiento de Santa Ana en el municipio de Puerto Asís.

Como lo anunció Semana Sostenible el 24 de octubre de 2016, las comunidades de este municipio denunciaron a la empresa Vetra por contaminar las aguas del río San Miguel, por el proyecto conocido como Corredor Puerto Vega- Teteye. Sin embargo, la Autoridad Nacional de Licencias Ambientales les amplió la licencia a más de 100 pozos, a pesar de tener dos procesos sancionatorios. La comunidad ha protestado desde hace cuatro años. En junio de 2019 los pobladores bloquearon la entrada de transporte al pozo petrolero