Villagarzón pertenece a la zona del Alto Putumayo, en el que parte de su economía se centra en la extracción de oro y petróleo. En julio de 2018, la Agencias Nacional de Hidrocarburos estimó que esta zona del país produjo 3,000 millones de barriles. Además en la zona también se registra inversión de nuevos proyectos petroleros dada la noción de seguridad tras la firma del Acuerdo de Paz con Farc, así lo registró la Revista Semana.

Líderes del municipio han advertido que los proyectos petroleros pueden generar contaminación en el recurso hídrico. Se trata de una región en la que confluyen cuatro ríos: Putumayo, Blanco, Pepino y Mocoa y que surte el 42% del abastecimiento de los acueductos. Por otro lado, está la contaminación del río por la extracción de oro y plata. Estas explotaciones de minería se fortalecieron entre 2007 y 2009, el entonces presidente Álvaro Uribe otorgó concesiones por 30 años para adelantar la búsqueda y explotación de oro, zinc y plata en el corredor del Alto Putumayo.  

Los indígenas del pueblo Nasa han manifestado en varias manifestaciones que la actividad de las empresa Gran Tierra Energy y Emerald Energy genera en el territorio una pérdida de soberanía gubernamental. Además, los líderes Nasa han manifestado la posibilidad de que el municipio sea declarado territorio agroalimentario y no un distrito minero. En esta misma línea se encuentran los líderes comunales de Villagarzon que quieren un diálogo entre el territorio y el gobierno que beneficie a las dos partes con la construcción de un hospital de tercer nivel y el mejoramiento de la infraestructura. Según la Defensoría del Pueblo, el líder comunal Iván Ruíz ha recibido  múltiples amenazas por  defender el recurso hídrico y oponerse a las empresas extractivas.