El Frente 24 de las Farc incursionó en 1983 al departamento de Bolívar, llegó a los municipios de Cantagallo, San Pablo, Río Viejo, Morales y Simití,  en el departamento de Bolívar. Así lo reportó RCN Radio. 

En el departamento operaron también varios grupos paramilitares, pero en 1997 Carlos Castaño ordenó ingresar al departamento. Según Verdad Abierta, las primeras veces los paramilitares no lograron consolidarse en el departamento hasta la llegada del nuevo siglo. La guerra cruenta que libraron estos dos grupos armados dejó a la población civil en medio del fuego cruzado. 

Luego de la desmovilización de las Farc, la paz no llegó a Cantagallo. Verdad Abierta dijo que, en 2016, con la salida de los frentes 24 y 37 de las Farc del sur de Bolívar inició una confrontación entre el Eln y las Autodefensas Gaitanistas que buscan apoderarse de la región. El mismo artículo dice que en el municipio operan ‘Los Acuamanes’ un grupo que nació de las desmovilizaciones de los paramilitares y que tiene nexos con el narcotráfico.

Este municipio fue noticia en 2018 porque hubo un derrame de crudo en el río Magdalena del oleoducto que lleva el petróleo que se saca de Cantagallo con destino hacia Puerto Wilches. Según El Tiempo, este es uno de los pozos petroleros que más producción da en el país.

La Unión Sindical Obrera, USO, ha denunciado los conflictos que han tenido trabajadores de Cantagallo con Ecopetrol y la empresa OBS principalmente por la reducción de personal, durante los años 2015 y 2016.

El sur de Bolívar, según Verdad Abierta, es una zona de riesgo para líderes ambientales. En 2018 fueron asesinados dos personas que ejercían este liderazgo en Cantagallo. La Paz en el Terreno tiene documentado el asesinato de Nixon Mutis Sosa en el municipio.