Los frentes 28 y 38 de las Farc operaron desde los años 90 en Maní. En el municipio también hubo una presencia fuerte de las Autodefensas Campesinas del Casanare , Acc, que fueron creadas por Héctor Buitrago y posteriormente comandadas por su hijo Héctor Javier Buitrago, alias ‘Martín Llanos’. Este grupo paramilitar primero fue aliado del Bloque Centauros de las Autodefensas Unidas de Colombia , Auc, que ingresó a la región por orden de Carlos Castaño, según Verdad Abierta. Estos dos grupos posteriormente libraron una guerra a muerte.
Un informe de la Misión de Observación Electoras, MOE, dice que varios alcaldes del departamento han sido señalados de beneficiar grupos paramilitares. Entre ellos se encuentra Henry Montes Montes a quien se le señala de darles el “..10% de la contratación, se comprometió con cumplir con las cuotas burocráticas y a entregarles 50% del presupuesto municipal”. Rutas del Conflicto documentó una masacre ocurrida en este municipio en 2005 y perpetrada por el Bloque Centauros de las Auc.
Para el 2016, en el municipio de Maní había 16 pozos petroleros operados por las empresas: Petrominerales Colombia LTD,Ecopetrol, Cepsa Colombia, Petróleos Sudamericanos, Perenco, Colombia Energy, Emerald Energy de Colombia, verano Energy y Petropulil.
En 2008, la empresa Cepsa compró el bloque Caracara en los llanos orientales. La negociación incluyó el 47,5% del contrato de producción y exploración del pozo Morochito, ubicado en los municipio de Maní y Orocué, según reportó el diario Portafolio. Por otra parte, la empresa Perenco recibió en 2008 la licencia ambiental para la explotación petrolera en el campo Gloria, que actualmente cuenta con 22 pozos en Maní y Aguazul, Casanare.
En 2014 RCN Radio documentó las quejas de la comunidad del municipio de Maní por la contaminación en el campo de explotación petrolera Gloria. La comunidad denunció que la empresa, Perenco, estaba contaminando las fuentes hídricas y afectando la fauna.
El portal regional, Colombia Informa, dijo en 2016 que la explotación de petróleos en el Casanare provocó una migración que aumentó la población del departamento en 110% desde 1985 y hasta 2015. Entre los municipios que más migrantes recibieron está Maní.
