Entre 1992 y 1994 el gobierno de la época realizó varias reformas estructurales a causa de los apagones que ocurrieron y llevaron a racionamiento de energía durante 13 meses. Algunas de esas reformas dieron nacimiento a Isagen, que inició operaciones en 1995. Diez años después, en el mandato de Álvaro Uribe Vélez, el gobierno recomendó vender el 20% de las acciones de la empresa, hecho que ocurrió un año después. Para 2016, con Juan Manuel Santos como presidente, el 56,17% de las acciones que le pertenecían al Estado fueron vendidas a la multinacional Brookfield Asset Management.

En la actualidad cuenta con siete centrales de generación eléctrica, tanto hidráulicas como térmicas. La compañía se ha posicionado como la tercera empresa generadora de energía del país, y produce el 16% de la energía del Sistema Interconectado Nacional. Esta empresa opera principalmente en los departamentos de Antioquia, Santander y Tolima.

Isagen ha tenido varios cuestionamientos por el proyecto de la central hidroeléctrica Hidrosogamoso. Por ejemplo, la comunidad ha denunciado que esta compañía ha intentado, por medio de la Gobernación de Santander, modificar una licencia ambiental que le permita a la empresa canadiense liberar alrededor de 100 metros de una franja de protección ambiental.