Puerto Caicedo está ubicado en el departamento de Putumayo y hace parte de la subregión del Bajo Putumayo.

Una de las empresas que opera en la zona es Gran Tierra Energy Colombia Ltd. con el proyecto petrolero conocido como ‘Oleoducto Uchupayaco – Santana’, que transporta el petróleo extraído del Putumayo.

En Puerto Caicedo existen más de ocho resguardos indígenas pertenecientes a las etnias Nasa, o Paez, y Awá, quienes en algunas ocasiones le han pedido a la ANLA que suspenda las licencias de proyectos extractivos en la región.

El Cinep registró el caso de dos campesinos asesinados en Puerto Caicedo en 2006. Las víctimas fueron falsamente presentadas como muertos en combate por tropas de la Contraguerrilla Batallador No. 2 del Ejército Nacional.

Paramilitares del Bloque Sur Putumayo perpetraron la masacre del 28 de enero de 2001 en Puerto Caicedo, en la que asesinaron a cinco personas después de ingresar a un establecimiento público.

Según una columna de la Fundación Ideas para la Paz, FIP, en Puerto Caicedo existe en promedio 3.000 hectáreas de siembra de cultivos de coca.

El Registro Único de Víctimas, RUV, reconoce un total de 5.201 víctimas del conflicto armado en el municipio.