En este municipio operó, según Verdad Abierta, el frente 9 de las Farc, que nació por la misma época que los movimientos sociales que rechazaban las hidroeléctricas de Playas y Jaguas. El mismo portal dice que este contexto hizo que se estigmatizara a los líderes sociales de la época y la mayoría fue asesinada o desaparecida. Rutas del Conflicto documentó tres masacres en este municipio.

Una de las masacres más recordadas es la de 1988 cuando 14 mineros fueron asesinados por un grupo paramilitar no identificado. Esta masacre estuvo relacionada con los asesinatos a miembros de la Unión Patriótica, UP.

En San Rafael la actividad minera es importante para la economía. En el municipio operan la hidroeléctricas Playas, de EPM; y Jaguas, de Isagen. En 2017 en este municipio fue asesinado Carlos Mario Hincapié, líder político del Centro Democrático.