Según Verdad Abierta, los proyectos hidroeléctricos en la década de los 70 generaron un movimiento social fuerte que buscaba defender los intereses sociales y políticos del pueblo. La compra de predios para realizar hidroeléctricas han hecho que haya desplazamientos que, según el portal, estuvieron relacionados con los asesinatos selectivos por parte del Eln y las Farc.

Después ingresaron paramilitares de las Autodefensas del Magdalena Medio. Entre 1990 y 2005 hubo presencia, primero, de las Autodefensas Campesinas de Córdoba y Urabá, Accu y, posteriormente, las Autodefensas Unidas de Colombia, Auc. Rutas del Conflicto tiene reseñadas 26 masacres en San Carlos, aunque El Espectador dijo que ocurrieron 33. La central Hidroeléctrica de San Carlos es operado por Isagen, la misma que tiene contratos en el municipio.

Las mesas por la Defensa del Agua, la Vida y el Territorio de San Carlos solicitaron en 2017 al presidente Juan Manuel Santos que se negara la construcción de una represa eléctrica y la minería metalífera a gran escala en el río Samaná Norte. En 2019, según el diario La República, en este municipio estaban en desarrollo los proyectos de hidroeléctricas Porvenir II e Hidronare, que se sumarían en el sector energético. El portal La Paz en el Terreno documentó el asesinato de Luis Edilson Arango, líder en defensa del río Samaná.