Medellín es la capital del departamento de Antioquia. Según el Centro Nacional de Memoria Histórica, el conflicto armado dejó en esta ciudad 132.529 víctimas. Según la publicación “Medellín, memorias de una guerra urbana”, se trató de una ciudad donde confluyeron son sólo grupos armados de derecha e izquierda, sino también narcotraficantes y la misma fuerza pública. 

El 13 de abril de 2019, en Medellín se abrió la primera casa para contar la verdad sobre el conflicto armado, llamado Casa de la Verdad. Según el diario El Tiempo, se trata de un espacio para que cualquier persona voluntariamente vaya y cuente su historia, para así ir esclareciendo los hechos de la guerra. 

El portal Rutas del Conflicto tiene el registro de al menos nueve masacres perpetradas en Medellín entre 1992 y 2010.