El municipio de San Martín fue la la base del Bloque Centauros en el departamento del Meta. Según el Observatorio de Memoria y Conflicto este bloque paramilitar que actuó en los Llanos Orientales y Cundinamarca perpetró alrededor de 59 hechos victimizantes en el municipio.

Las autodefensas en el departamento tuvieron su origen al ser financiados por los narcotraficantes Gonzalo y Henry Pérez desde Puerto Boyacá. Según audiencias de Justicia y Paz, Manuel de Jesús Pirabán, alias ´Pirata´, narró que él se hizo cargo de la fracción de San Martín tras la muerte de los narcotraficantes, que llegaron desde Urabá para fortalecer las rutas del narcotráfico por el río Meta y la frontera con Venezuela. Desde la desmovilización de los paramilitares entre los años 2005 y 2006, San Martín tiene la presencia de bandas criminales como lo informó la Fundación Ideas para la Paz. En el año 2007 se registró un constante robo de petróleo por la banda “Los Puntilleros”

Por otro lado, San Martín hace parte de la visión de Ecopetrol para convertir al municipio en uno de los mayores productores de petróleo. En el año 2014 tras fases de exploración se descubrió el hidrocarburo en el pozo Tibirita-1A. Desde esa época se han realizado nuevas exploraciones en la zona.

En el Portal La Paz en el Terreno se documentó el asesinato del líder comunal Camilo Alberto Pinzón Galeano perpetrado el 4 de abril de 2017. Según investigaciones de la Fiscalía la banda que asesinó a Pinzón fue desarticulada el 18 de enero de 2018 y hacía parte de la estructura del Clan del Golfo, encargados del control de las líneas de tráfico de los Llanos y las extorsiones en el municipio.