En 1999 los hermanos Castaño aplicaron un plan de expansión para que las Autodefensas Unidas de Colombia llegaran a diferentes territorios del país. Fue así como ese año a Nariño llegó un grupo de paramilitares enviado por Diego Fernando Murillo, alias ‘Don Berna’. Seis meses después Carlos Mario Jiménez, alias ‘Macaco’, jefe paramilitar del Bloque Central Bolívar que delinquió en ocho departamentos, envió a Guillermo Pérez Alzate, alias ‘Pablo Sevillano’, a formar el Bloque Libertadores del Sur de las Auc.

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La historia de las autodefensas en Puerto Boyacá se remonta a principios de los ochenta. Varios campesinos se organizaron para defenderse de los desmanes que comenzó a cometer la guerrilla luego de convivir pacíficamente por años con los habitantes de la zona. El grupo dirigido por Gonzalo Pérez y su hijo Henry, las Autodefensas del Magdalena Medio, rápidamente se convirtió en todo un ejército de paramilitares al servicio del narcotráfico, luego de que entre 1982 y 1984 llegaran a la zona varios capos del Cartel de Medellín a comprar tierras.

Desde finales de los setenta campesinos del corregimiento de Ortega, del municipio de Cajibío en el norte del Cauca, se organizaron para defenderse de los ataques de las Farc. La comunidad de origen indígena creo un grupo de autodefensa que resistió por décadas los desmanes de la guerrilla, que los convirtió en un objetivo militar.

A mediados de los años ochenta un grupo de miembros de la fuerza pública se alió con capos del narcotráfico del Norte del Valle para atacar las organizaciones sociales que se habían creado en la zona. El grupo paramilitar asesinó a centenares de líderes campesinos y sindicales de la región usando métodos de tortura que luego replicaron los ‘paras’ de diferentes grupos en otras zonas del país, como el uso de motosierras para desmembrar las víctimas.

Desde los años 80 los hermanos Castaño delinquieron en la zona de Córdoba y Urabá, primero con grupos ilegales que asesinaban supuestos colaboradores de la guerrilla y luego en 1994 conformaron las Autodefensas Campesinas del Córdoba y Urabá, Accu. En 1997 los Castaño unieron todos los grupos paramilitares del país en las Autodefensas Unidas de Colombia, Auc. Desde ese momento algunas de las estructuras de las Accu pasaron a llamarse Bloque Norte.

A mediados del 2000, Vicente Castaño ordenó crear un grupo de las Auc en Arauca, con el fin de ocupar los espacios en los que hasta ese momento delinquía el Bloque Oriental de las Farc y el Eln. Para ello encargó a los hermanos Miguel Ángel y Víctor Manuel Mejía Múnera, conocidos como 'Los mellizos', narcotraficantes que habían trabajado de la mano de la casa Castaño. Versiones de desmovilizados señalan que los ‘narcos’ compraron la franquicia paramilitar en más de dos millones de dólares.

Este Bloque comenzó con 100 paramilitares en 1993 al mando de Guillermo Cristancho Acosta, alias ‘Camilo Morantes’, que delinquía en el Magdalena Medio santandereano y asesinaban a campesinos que tachaban de colaboradores de la guerrilla.

En la década de los 80 se crearon pequeños grupos de autodefensas en Bajo Cauca y en el norte de Antioquia que se disputaban el territorio con las guerrillas del Epl y Eln. El interés en este territorio recaía en los cultivos de coca y la explotación minera de la región. En los primeros meses de 1999, Carlos Castaño ordenó que estos grupos se integraran a las Autodefensas Unidas de Colombia para que lo ayudaran a incursionar en el sur de Bolívar.